Analisis data dalam penelitian ini dilakukan secara bertahap dengan diawali dengan pengumpulan data kuantitatif dan akan dilanjutkan dengan kualitatif. Adapun rencana analisis data dilakukan sebagai berikut:

1. Data kuantitatif
   1. Data – data kuantitatif dipisahkan menurut topik-topik yang ditentukan untuk menjawab penelitian keterbukaan dan akuntabilitas BPJS. Penelitian ini akan melihat kesesuaian data claim dan peningkatan jumlah penyakit serta melihat hubungan jumlah dana yang dipakai mengalir ke daerah dan yang mengalir ke BPJS kesehatan.
   2. Data diolah dengan menggunakan analisis cross tabulasi menggunakan SPSS
2. Data kualitatif
   
   1. Hasil wawancara mendalam diterjemahkan dan didokumentasikan dalam bentuk transkip wawancara.
   2. Hasil analisis peraturan-peraturan terkait sistem tata kelola BPJS kesehatan dalam bentuk policy review.
   3. Hasil transkip wawancara dan policy review akan dicoding atau di kelompokkan menggunakan NVivo. Pengelompokkan ini ditentukan berdasarkan variabel penelitian yang berhasil diperoleh dari pembacaan transkip wawancara
   4. Topik –topik hasil transkip diarahkan untuk menjawab pertanyaan penelitian dan tujuan penelitian.
   5. Pengelompokkan juga dalam bentuk tabel – tabel agar didapatkan deskripsi dari analisis topik –topik hasil wawancara.
   6. Hasil analisis dihubungkan dengan teori –teori yang berlaku dan kemungkinan teori baru muncul sebagai hasil analisis.

Hasil analisis data kuantitatif juga dilakukan dengan menghubungkan dengan teori program tata kelola organisasi. Pengembangan teori juga dapat muncul seiring dengan hasil analisis data kuantitatif.

Data kualitatif berupa rekamaman hasil wawancara mendalam dituliskan dalam transkrip wawancara, yang kemudian akan dituangkan ke dalam konfigurasi Context-Mechanism-Outcome (C-M-O) untuk memudahkan proses analisis menggunakan pendekatan realist evaluation. Sedangkan data kuantitatif dianalisis secara deskriptif dan analitik sebagai penunjang, terutama untuk menggambarkan capaian-capaian outcome yang sedang dievaluasi 

Proses Rekrutmen:

Adapun proses rekrutmen responden dalam penelitian ini, sebagai berikut:

1. Menentukan instansi/ lembaga/ organisasi yan terlibat dalam penelitian menurut peraturan tentang pelaksanaan JKN
2. Menelaah lebih dalam jumlah dan responden yang telah diidentifikasi yang dapat terlibat dalam penelitian.
3. Menentukan jumlah dan responden yang sebelumnya belum teridentifikasi.

Pengambilan Sampel:

Sampel yang ditetapkan dalam penelitian ini menggunakan teknis purposive sampling. Yaitu sampel yang telah ditetapkan kriterianya oleh peneliti. Sampel ini ditetapkan dengan mempertimbangan bahwa sampel dapat membantu dan mengembangkan teori – teori dalam penelitian evaluasi dan memenuhi kriteria. Kriteria tersebut terbagi menjadi kriteria inklusi dan eksklusi. Kriteria inklusi merupakan kriteria sampel yang menjadi syarat peneliti untuk mencapai tujuan penelitian. Kriteria inklusi dalam penelitian ini yaitu instansi atau hal –hal yang berhubungan dengan JKN dan BPJS Kesehatan dan hal – hal yang berhubungan dengan tata kelola organisasi BPJS Kesehatan. Kriteria eksklusi dalam penelitian ini adalah hal-hal yang berkaitan dengan penyakit dan kegiatan medis.
Berdasarkan proses rekrutmen dan pengambilan sampel, maka unit analisis penelitian ini adalah: BPJS, Kementerian Kesehatan, Dinas Kesehatan, Puskesmas, Klinik Swasta dan Rumah sakit.

Unit analisis penelitian ini adalah: organisasi atau lembaga yang berada dalam lingkup implementasi kebijakan JKN. Lembaga tersebut terdiri atas BPJS Kesehatan, kementerian kesehatan, dan pemerintah daerah. Pertimbangan pokok dalam menentukan sampel yaitu pertimbangan representatif. Jumlah sampel pada quota sampling ditetapkan sebagai perkiraan relatif yang memadai dan dapat mencerminkan populasi sesuai dengan tujuan penelitian.

Unit analisis penelitian ini melibatkan peserta JKN-KIS, fasilitas kesehatan (pemerintah dan swasta), BPJS Kesehatan, organisasi profesi dan stakeholder daerah (Dinas Kesehatan dan Pemda). Beberapa lembaga di Pusat, baik dari sisi Kementerian Kesehatan, DJSN, dan BPJS Kesehatan Pusat juga akan dilibatkan sebagai unit analisis untuk triangulasi data/ hasil temuan di daerah. Pertimbangan pokok dalam menentukan besar sampel, yaitu pertimbangan representatif (menyangkut jumlah minimum sampel yang masih representatif pada populasi) dan pertimbangan analisis (menyangkut jumlah minimum sampel untuk melakukan analisis kuantitatif). Walaupun demikian, systematic random sampling dalam pelaksanaan survei juga akan dikombinasi dengan quota sampling yang dipilih secara purposive 

Penelitian ini menggunakan metode kualitatif dan kuantitaif. Metode kualitatif dilaksanakan dengan melakukan analisis peraturan yang berkaitan dengan tata kelola BPJS dan wawancara terhadap pemangku kepentingan baik di tingkat pusat sampai pada daerah. Dalam penelitian juga akan digunakan triangulasi terhadap persepsi organasi kesehatan seperti FKTP, FKTL, Dinas Kesehatan dan Kementerian Kesehatan dan juga DJSN. Penelitian kuantitatif bersumber pada data deskriptif tentang keterbukaan BPJS Kesehatan terhadap data kesehatan di beberapa daerah dengan konteks yang berbeda-beda. Penelitian ini akan melihat apakah data kesehatan yang ada pada BPJS telah dipergunakan dalam perencanaan kesehatan di tingkat daerah. Data yang diperlukan adalah kesesuaian data claim dana kapitasi dan non kapitasi puskesmas, Ina CBGS RS dan juga dokumen perencanaan puskesmas dan dinas kesehatan.

Penelitian ini menggunakan metode kualitatif dengan jenis penelitian studi kasus. Data sekunder terkait aspek kepesertaan JKN dan paket manfaat serta supply side layanan kesehatan dan akan dikumpulkan untuk menunjang data kualitatif. Data kualitatif dikumpulkan dengan cara melakukan wawancara secara mendalam (indepth interview) terhadap subyek penelitian atau target potensial. Untuk mendukung hasil wawancara mendalam, dokumen atau sumber lain yang berkaitan juga akan dikumpulkan sebagai pendukung data penelitian.

Jenis penelitian ini adalah observasional analitik, yaitu penelitian yang digunakan untuk mengetahui hubungan atau sebab akibat antara 2 variabel atau lebih tanpa memberikan intervensi terhadap variabel penelitian. Penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi kebijakan kapitasi berbasis kompetensi untuk menilai mutu dan kepuasan peserta JKN serta provider BPJS Kesehatan dengan menggunakan pendekatan metode realist evaluation. Instrumen survei dan FGD akan dikembangkan dengan mempertimbangkan 6 dimensi mutu (efisiensi, efektif, dapat diakses, adil, dan aman) serta mempertimbangkan 5 aspek/ indikator kepuasan (tangible, realibility, responsiveness, assurance, dan empathy). Rancang bangun penelitian adalah cross sectional, dikarenakan waktu pengumpulan data dan informasi dilakukan pada waktu tertentu yang bersamaan. Untuk mendukung hasil survei dan kualitatif, dokumen sekunder atau sumber lain yang berkaitan juga akan dikumpulkan sebagai pendukung.